For mange danskere har Flensburg i årevis, været det faste stop, når man kørte over grænsen på jagt efter gode tilbud. Især øllet har altid været en central del af grænsehandlen. Men først i de seneste par år, er folk begyndt at interessere sig for hvad Flensborg egentlig kan tilbyde af lokalt øl. Før 1864, dengang Flensborg stadig var en del af Sønderjylland, var der mere end 20 små hvidtølsbryggerier i byen. I årtierne efter indlemmelsen i Preussen, bukkede de fleste af dem under, da de ikke kunne klare sig i konkurrencen mod de industrialiserede tyske bryggerier i Bremen, Kiel og Hamburg. I 1873 beslutter to af byens industrialister sig for at tage konkurrencen op.
I 1888 gå en række investorerne sammen om opbygningen af et nyt bryggeri i Flensburg. Et bryggeri, der i langt højere grad skulle gøre brug af moderne teknologi, bl.a. installation af elektricitet. Det nye bryggeri satsede på eksport, nu hvor Kieler kanalen var blevet åbnet og verden var rykket tættere. Det lykkedes at brygge en øl, der kunne holde kvaliteten helt til Australien og dermed begyndte et mindre eksporteventyr. Op igennem 1890erne begynder det, at stå klart, at byen er alt for lille til at have to store bryggerier. Der snakkes jævnligt om fusion, men uden at det bliver til noget. Det blev krisen under og efter første verdenskrig der til sidst tvang de to bryggerier sammen. Flensburg under 1. Verdenskrig et fald i befolkningen på hele 9%, primært mænd der døde på fronten. Derudover skulle bryggerier aflevere en del materiel til krigen. I 1919 valgte de to bryggerier derfor at fusionerede til Flensburger Brauereien A.G. Men pinslerne var ikke forbi.
Indtil 1882 brugte Flensburger Brauerei almindeligt is, hentet fra lokale søer om vinteren, til køling af lagringskælderen. Et år var man ligefrem nødsaget til at købe is fra Norge, fordi vinteren i Schleswig var for varm. Men med købet af en af Carl von Lindes kølemaskiner, blev man uafhængig af vinterens lunefuldhed og det betød i praksis, at man producere mere og dermed sænke priserne. Fra da af stod bryggeriet bedre i konkurrencen mod bryggerierne i resten af Tyskland.
I 1920 stemmer Sønderjylland sig hjem til Danmark, hvorved halvdelen af det lokale marked forsvinder. Desuden rammes Tyskland af en voldsom inflation, der gør det svært at drive forretning. Den økonomiske afmatning i 1929 rammer også branchen hårdt, fordi mange af de traditionel forbrugere ikke har råd til at drikke som de plejer. For en kort periode kan det slet ikke betale sig for bryggeriet at brygge, og man stoppe produktionen for en tid.
I 1933 har det økonomiske klima forbedret sig og man genstarter produktionen. Det lykkes op igennem 1930erne, at få moderniseret bryggeriet. I 1937 overtager bestyrelsesformanden Emil Petersen ejerskabet af bryggeriet. Emil Pedersen er en dygtig og vellidt forretningsmand og under hans ledelse bliver bryggeriet klar til ekspansion. Men netop som bryggeriet skal til at høste frugten af det hårde arbejde, bryder 2. verdenskrig ud og med den, kom en række restriktioner på bryggerier. Heldigvis slipper Flensburg og bryggeriet for mange af de ødelæggelser, som overgår resten af Tyskland, så man er klar til at brygge igen ved krigens afslutning. Op igennem 1950erne moderniseres bryggeriet og man opkøber en række mindre regionale bryggerier. I 1974 dør Emil Petersen og han efterlader sig et velfungerende bryggeri der nu sælger til Niedersachsen, Bremen og Berlin. Efter Tysklands genforening har Flensburger også fundet sig et voksende marked i det tidligere Østtyskland.
De samler en flok interesserede, der er villige til at investere i et kommende Flensburger Actienbrauerei Gesellschaft. Bryggeriet skal bygges i nærheden af havnen, så fjorden kan bruges i distributionen. I løbet af vinteren 1874 brygger man det første lagerøl, der er klart til salg i marts 1875. Øllet leveredes i store fade, der så blev distribueret ud til udskænkningssteder og grossister der selv stod for videre tapning. Få år efter begyndte bryggeriet dog egen tapning for at være sikker på øllet kvalitet. Selvom bryggeriet hurtigt får succes i det lokale, har ejerne endnu større ambitioner. Inspireret af de britiske india pale ales fra Burton-upontrent, laster de i 1876 nogle fade flensburger lagerbier, ombord på dampskibet ’Doris Brodersen’, der sejler til Burma efter tømmer. Hensigten var at teste øllets evne til at holde sig på en længere rejse, for så kunne det i givet fald eksporteres. Desværre var resultatet ikke alt for opmuntrende. Heldigvis gik det godt på hjemmemarkedet og allerede i 1878 vinder bryggeriet guldmedaljen for bedste øl i Schleswig-Holstein i konkurrence med bryggerier fra Kiel, Sønderborg, Haderslev m.fl.