Belhaven bryggeriet har sine rødder i Dunbar, en mellemstor provinsby omkring 35 kilometer øst for Edinburgh. I det 12. århundrede grundlagdes et benediktinerkloster tæt ved Dunbar. Ejendommen var skænket af den skotske Kong David I, der var ivrig efter at få etableret et samfund af foretagsomme munke der kunne løfte områdets økonomi. Klosteret fik doneret jord i byen Dunbar, såvel som i den lille nærliggende havn Bele, der senere fik navnet Belhaven. Området omkring Dunbar var velsignet med godt vand, samt byg af en meget høj kvalitet. Munkene fik hurtigt etableret en ølproduktion, der blev en eftertragtet vare i området. I 1550erne leveredes øl til garnisonen på Dunbar Castle, en borg der havde stor betydning i samtlige konflikter imellem skotterne og englænderne indtil den endeligt blev nedbrudt i 1590erne.
Belhaven var et af de første malterier, der fik installeret en prototype varmluftstromle til tørring af malt. Det muliggjorde en markant udvidelse af produktionskapaciteten, om end kvaliteten af malten ikke var helt så god som den traditionelle gulvmalt. Hvad værre var - maskinen var i 1898 skyld i en tragisk ulykke, hvor Alexander Hunter blev dræbt. Hans efterfølger Ellis Hunter tog det muligvis som et ilde varsel, for han solgte noget af malteriet fra og begyndte atter at fokusere på brygning. Under 1. verdenskrig lykkedes det for bryggeriet, at blive udvalgt som leverandør til hæren og det var med til at sikre en fast indtægt igennem de svære krigsår og 1930ernes depression. I 1940erne blev Alexander Dudgeon Hunter sendt til Heriot Watt College i Edinburgh, hvor han – som den første i familien – fik en videnskabelig uddannelse som brygmester. Han overtog i 1948 driften af bryggeriet og fik blandt andet installeret en pasteuriseringsmaskine, der på den tid var meget usædvanlig for skotske og nordengelske bryggerier. Samtidigt introducerede han varemærket Belhaven, således at bryggeriet kunne begynde at markedsføre og sælge flaskeøl i butikker.
I 1830erne oprettede man et agentur i London og man eksporterede sågar til Østrig-Ungarn, hvor kejser Ferdinand I (1835-49) efter sigende skulle have udtalt; at Belhavens øl var bedre end det stærke øl fra Bayern. I 1846 blev Dunbar koblet til linieføringen af the North British Railway, hvorved bryggeriets produkter pludseligt kunne distribueres til det skotske højland. Desværre betød det også øget konkurrence fra andre bryggerier. Da Alexander Hunter, der også var blevet gift ind i familien, overtog driften af bryggeriet i 1876, anså han det for nødvendigt, at omlægge strategien for at sikre bryggeriets overlevelse. I første omgang fokuserede han på en ny forretningsgang, hvor han importerede billigt byg fra Østersøområdet som erstatning for det noget dyrere skotske byg. Men snart fandt han ud af, at den bedste forretning lå i at fremstille malt til andre bryggerier og whiskydestillerier. I 1894 var Belhaven mere eller mindre omstillet til at være leverandør af malt.
I 1960erne lukkede mange af de lokale og
regionale bryggerier i området. Krisen skyldtes primært indtoget af de lyse lagerøl, men også det faktum, at det britiske imperium var under afvikling havde betydning for bryggeriernes oversøiske indtjening. I 1970erne indhentede udviklingen også Belhaven bryggeriet og det kom under massivt økonomisk pres. Det var lige med nød og næppe, at det blev reddet. Takket være stiftelsen af CAMRA og det nye fokus på real ale, steg omsætningen af bryggeriets traditionelle produkter. Det åbnede muligheden for at få et indskud af kapital, der kunne bruges til at udvide produktionen og dermed skabe en sundere forretning.
I dag har Belhaven mejslet sig ind i skotternes bevidsthed som kulturbærer af den skotske ale tradition. Skotske ales er generelt mere maltsøde end de engelske. Det skyldes at der over tid har udviklet sig nogle anderledes præferencer. Men historisk set har det vigtigste nok været, at humle ikke voksede i Skotlands hårde klima og at det derfor måtte importeres fra England. Af økonomiske - og muligvis også ideologiske årsager - har man derfor udviklet øltyper, der fokuserede på dét man havde, nemlig rigeligt med byg af en meget høj kvalitet. Belhaven bruger stadig det gamle skotske gradueringssystem. På pubbernes fadølshaner kan man stadig se skilte med værdierne 60/-, 70/-, 80/- og 90/-. Systemet oprinder fra et gammelt toldsystem, hvor toldsatsen blev bestemt ud fra øllets fylde. De svageste øl fik betegnelsen 60/-, mens det stærkeste fik betegnelsen 90/-.
Skotlands historie er uløseligt forbundet med Englands. I 1707 blev de to selvstændige kongeriger forenet i en union. Om det var med den almindelige skottes gode vilje kan diskuteres, men faktum var at unionen åbnede for handelsmuligheder i den sydlige del af Skotland. Blandt andet blev skotterne fritaget for en hård beskatning af malt, som var gældende i resten af Unionen. John Johnstone var allerede en velhavende handelsmand, da han i 1719 åbnede et bryggeri i Belhaven. Hans målsætning var at bruge den gode naturlige havn til at afsætte bryggeriets produkter til Edinburgh og andre nærliggende kystbyer. Forretningen blev en succes og Johnstones søn og sønnesønner drev det helt frem til 1815, hvor en svigersøn overtog forretningen.